省エネ補助金（工場・事業場型）をわかりやすく解説｜対象設備・補助率・申請方法まで｜コラム

工場・事業場全体で、ボイラ・空調・冷凍機・コンプレッサといったユーティリティ設備や、工作機械・印刷機械などの生産設備をまとめて省エネ化したい。あるいは先進設備やオーダーメイド設備で生産ライン全体を刷新したい。こうした投資に、省エネ補助金（工場・事業場型）は活用できるのか。本記事では、認定支援機関として補助金申請を多数支援してきた知見をもとに、令和7年度補正予算「省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）」の2次公募について、申請枠ごとの補助率・上限額、省エネ要件、審査の仕組み、申請の流れ、提出書類、よくある不採択パターンと回避策まで網羅的に解説します。

▼ この記事の結論
省エネ補助金（工場・事業場型）は、「設備1台単位」ではなく「事業場全体の省エネルギー計画」に基づいて設備更新やEMS導入を行う事業を支援する制度です。先進設備・オーダーメイド型設備・指定設備への更新が対象で、申請枠は先進枠・一般枠・中小企業投資促進枠・サプライチェーン連携枠の4つ。補助率は最大2/3（先進枠・中小企業者等）、補助上限は15億円/年度（非化石転換を伴う場合は20億円/年度）と、設備単位型より大きいのが特徴です。一方で、省エネ率や投資回収年数などの計画要件は細かく、令和7年度補正の2次公募からは事業所全体の要件に加えて「設備単位の省エネ要件」も新たに課されるようになりました。2次公募の交付申請の締切は2026年7月9日（木）17時必着で、公募期間は約1ヶ月と短いため、早めの準備が鍵になります。

出典：一般社団法人環境共創イニシアチブ（SII）「令和7年度補正予算省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）」公募要領＜2次公募用＞・交付申請の手引き（https://sii.or.jp/koujou07r/）
本記事は上記の公募要領・交付申請の手引きをもとに、株式会社プランベースが編集・加工のうえ作成しています。補助率・上限額・スケジュール等は令和7年度補正 2次公募時点の数値であり、最新の内容は必ずSIIホームページでご確認ください。

省エネ補助金（工場・事業場型）とは — 制度の全体像

省エネ補助金（工場・事業場型）は、事業の通称を「令和7年度補正予算省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）」といい、補助金としての正式名称は「省エネルギー投資促進・需要構造転換支援事業費補助金」です（一部はエネルギー対策特別会計を原資とする「省エネルギー投資促進支援事業費補助金」で構成されます）。
一般社団法人環境共創イニシアチブ（以下「SII」）が代表幹事として、大日本印刷株式会社（以下「DNP」）との「共同事業体」として執行する補助金で、補助金の交付申請に関する手続きは、代表幹事であるSIIが行います。

本事業の目的は、省エネルギー性能の高い設備・システムへの更新や、計測・見える化・制御を担うエネルギーマネジメントシステムの導入によって、工場・事業場の省エネルギー化と非化石エネルギーへの転換を推進することにあります。
同じ「省エネ・非化石転換補助金」でも、設備単位型が「指定設備1台単位」での更新を支援するのに対し、工場・事業場型は「エネルギー管理を一体で行う事業場全体」の省エネルギー計画に基づいて、複数設備の更新やライン全体の刷新、EMS導入を一括で支援する点が大きく異なります。

工場・事業場型で申請できる事業区分は、（Ⅰ）工場・事業場型と（Ⅳ）エネルギー需要最適化型の2つです。（Ⅰ）と（Ⅳ）を組み合わせて申請することもでき、大規模な設備投資や中長期的な省エネ計画にも対応しやすいのが特徴です。支援期間は複数年度事業で最大4年まで設定できます。

省エネ補助金（工場・事業場型）の補助対象設備と申請枠

（Ⅰ）工場・事業場型では、導入する設備の種類によって申請枠が決まります。補助対象となる設備は、大きく次の3種類に分かれます。

① 先進設備・システム：SIIが設置した外部審査委員会で審査・採択し、公表した特に省エネ性能の高い設備・システム。導入する場合は「先進枠」で申請します。対象設備・メーカーはSIIの「先進設備・システムの補助対象設備一覧」で確認できます。
② オーダーメイド型設備：機械設計を伴う設備、または事業者の使用目的や用途に合わせて設計・製造する設備で、設計図書等の納品物があるもの。新規設計（フルオーダー品）、類似設計（カスタマイズ品）、生産設備を組み合わせた製造ライン、自動化装置を組み合わせた製造ラインなどが該当します。オプション追加や単なる組み合わせ設備、工事用図面・単線結線図のみの提出は対象になりません。中小企業者は「中小企業投資促進枠」、それ以外は「一般枠」で申請します。
③ 指定設備：SIIがあらかじめ定めたエネルギー消費効率等の基準を満たし、公表した設備。設備単位型と同じ15区分（後述）が対象です。こちらも中小企業者は「中小企業投資促進枠」、それ以外は「一般枠」で申請します。

令和7年度補正では、これに加えて、サプライチェーン上の複数事業者（4者以上）が連携して省エネに取り組む「サプライチェーン連携枠」が設けられています。指定設備の区分は、①高効率空調／②産業ヒートポンプ／③業務用給湯器／④高性能ボイラ／⑤高効率コージェネレーション／⑥低炭素工業炉／⑦変圧器／⑧冷凍冷蔵設備／⑨産業用モータ／⑩制御機能付きLED照明器具（以上ユーティリティ設備）と、⑪工作機械／⑫プラスチック加工機械／⑬プレス機械／⑭印刷機械／⑮ダイカストマシン（以上生産設備）の15区分で、このほか「その他SIIが認めた高性能な設備」も対象です。

なお、新たに事業活動を開始する新築・新設の事業所に導入する設備は、工場・事業場型（Ⅰ）では原則として補助対象外です（（Ⅳ）型は新設も対象。新設を伴う設備投資は設備単位型のトップ性能枠や電化・脱炭素燃転型で扱われます）。既存の事業所で新たに設備を追加する増設、事業活動に供していない設備の更新、専ら居住を目的とした事業所での更新、売電を目的とする発電設備なども対象外です。

申請枠ごとの補助率・上限額・省エネ要件

（Ⅰ）工場・事業場型は、申請枠ごとに省エネ要件・投資回収年数・補助率が細かく定められています。以下、各申請枠を順に解説します。補助率・上限額・スケジュールは令和7年度補正 2次公募時点の数値です。最新の公募要領はSIIホームページ（https://sii.or.jp/koujou07r/）でご確認ください。

先進枠

SIIが公表した先進設備・システムを導入する区分で、最も補助率が高いのが特徴です。省エネ要件は原油換算量ベースで、事業所全体で次のいずれかを満たすことです。①省エネルギー率＋非化石割合増加率が30%以上、②省エネルギー量＋非化石使用量が1,000kl以上、③エネルギー消費原単位改善率が15%以上。あわせて投資回収年数が5年以上であることが求められます。

補助率は中小企業者等が2/3以内、大企業・その他が1/2以内です。ただし、先進設備・システムに加えてオーダーメイド型設備・指定設備を組み合わせて導入する場合、その組み合わせ分の補助対象経費には一般枠の補助率（中小1/2以内・大企業1/3以内）が適用されます。補助金額の上限は15億円/年度（非化石転換を伴う申請の場合は20億円/年度）、下限は100万円/年度です。

一般枠

オーダーメイド型設備または指定設備を導入する区分で、中小企業者以外（大企業等）が利用します。省エネ要件は、事業所全体で①省エネルギー率＋非化石割合増加率が10%以上、②省エネルギー量＋非化石使用量が700kl以上、③エネルギー消費原単位改善率が7%以上のいずれかで、投資回収年数5年以上が求められます。あわせて、後述する設備単位の省エネ要件も満たす必要があります。

補助率は中小企業者等1/2以内（投資回収年数が7年未満の場合は1/3以内）、大企業・その他1/3以内（同7年未満の場合は1/4以内）です。投資回収年数が短いほど補助率が下がる仕組みになっており、回収年数の見積りが補助率を左右します。上限15億円/年度（非化石転換を伴う場合20億円/年度）、下限100万円/年度は先進枠と共通です。

中小企業投資促進枠

オーダーメイド型設備または指定設備を導入する中小企業者等向けの区分で、一般枠より省エネ要件・投資回収年数要件が緩和されています。省エネ要件は、事業所全体で①省エネルギー率＋非化石割合増加率が7%以上、②省エネルギー量＋非化石使用量が500kl以上、③エネルギー消費原単位改善率が5%以上のいずれかで、投資回収年数は3年以上です。
こちらも設備単位の省エネ要件を満たす必要があります。なお、本枠で申請する場合は、SII指定フォーマットで一般枠の省エネ要件を満たす中長期的な目標・計画を作成・提出し、事業完了後に公表することが求められます。

補助率は1/2以内（投資回収年数が5年未満の場合は1/3以内）です。上限15億円/年度（非化石転換を伴う場合20億円/年度）、下限100万円/年度です。要件が比較的やさしく、中小企業が事業場全体での省エネに取り組む際の入口となる枠です。

サプライチェーン連携枠

令和7年度補正で設けられた、サプライチェーン上の複数事業者が連携して省エネに取り組む区分です。幹事企業（下流）と最低4者以上のコンソーシアム形式で申請することが前提で、オーダーメイド型設備・指定設備が対象です。省エネ要件は、各事業者がそれぞれ計画省エネルギー率＋非化石割合増加率1者あたり5%以上を満たすことで、4者以上の平均値での達成は認められません。あわせて設備単位の省エネ要件、および一般枠の要件を満たす中長期計画の作成・公表が求められます。

補助率は中小企業者等1/2以内（投資回収年数5年未満の場合は1/3以内）、大企業・その他1/3以内（同7年未満の場合は1/4以内）で、投資回収年数は中小企業者等3年以上・大企業等5年以上が求められます。上限15億円/年度（非化石転換を伴う場合20億円/年度）、下限100万円/年度です。取引先や協力会社を巻き込んで省エネ投資を進めたい場合に活用できます。

【令和7年度補正の変更点】事業所全体に加えて課される「設備単位の省エネ要件」

令和7年度補正の公募要領では「変更点①」として、「一般枠」「中小企業投資促進枠」「サプライチェーン連携枠」では、事業所全体の省エネ要件に加えて、更新する設備単位ごとにも省エネ要件を満たすことが新たに課されました。事業所全体の要件を満たしていても、設備単体の省エネ効果が著しく低いものは補助対象外となります。具体的な基準は次のとおりです。

指定設備：①省エネ率10%以上／②省エネ量1kl以上／③経費当たり省エネ量1kl/千万円以上のいずれかを満たすこと。
オーダーメイド型設備：③経費当たり省エネ量1kl/千万円以上を満たすこと。

複数の設備を組み合わせた「一体不可分なシステム」として構築されている場合は、そのシステム単位での導入前後比較が認められ、個々の構成設備を分別して比較する必要はありません。従来の工場・事業場型は事業場全体の効果だけで判定していましたが、今回からは「全体＋設備単位」の二段構えになった点に注意が必要です。更新範囲を設計する段階で、各設備が設備単位の要件もクリアできるかを必ず確認しておきましょう。

令和7年度補正予算「省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）」の概要内の（Ⅰ）工場・事業場型

（Ⅳ）エネルギー需要最適化型

SIIが採択・公表したエネマネ事業者からEMS機器（エネルギーマネジメントシステム）を導入し、計測・見える化・制御で省エネを実現する区分です。設備単位型では（Ⅳ）を単独で申請できませんが、工場・事業場型では（Ⅳ）を単独で申請することが可能です。もちろん（Ⅰ）工場・事業場型と組み合わせて申請することもできます。令和7年度補正からは、新設事業所や新規ラインへのEMS導入も対象に加わりました。

申請にあたってはエネマネ事業者との契約（エネルギー管理支援サービス契約）が前提となり、EMS活用計画（計画期間2年）の作成と、改善による成果の公表が求められます。省エネ効果は原油換算量ベースで2%改善を目安とします。補助率は中小企業者等1/2以内、大企業1/3以内、上限は1億円/事業全体、下限は30万円/事業全体です。補助対象経費は設計費・設備費・工事費が対象です。（Ⅰ）と組み合わせる場合、事業全体の補助金上限額は各区分それぞれの上限額の合計になります。

令和7年度補正予算「省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）」の概要内の（Ⅳ）エネルギー需要最適化型

補助率・上限額の早見表

申請枠	主な省エネ要件（原油換算・事業所全体）	補助率（中小／大企業）	上限・下限
先進枠	省エネ率＋非化石割合増加率30%以上／省エネ量＋非化石使用量1,000kl以上／原単位改善率15%以上のいずれか	中小2/3・大企業1/2	単年度事業：上限15億円（非化石20億円）複数年度事業：上限30億円（非化石40億円）下限：100万円/年度
一般枠	省エネ率＋非化石割合増加率10%以上／省エネ量＋非化石使用量700kl以上／原単位改善率7%以上のいずれか＋設備単位の省エネ要件	中小1/2（回収7年未満は1/3）・大企業1/3（同1/4）	単年度事業：上限15億円（非化石20億円）複数年度事業：上限20億円（非化石30億円）下限：100万円/年度
中小企業投資促進枠	省エネ率＋非化石割合増加率7%以上／省エネ量＋非化石使用量500kl以上／原単位改善率5%以上のいずれか＋設備単位の省エネ要件	1/2（回収5年未満は1/3）／大企業対象外	単年度事業：上限15億円（非化石20億円）複数年度事業：上限20億円（非化石30億円）下限：100万円/年度
サプライチェーン連携枠	1者あたり省エネ率＋非化石割合増加率5%以上（4者以上で連携・平均不可）＋設備単位の省エネ要件	中小1/2（回収5年未満は1/3）・大企業1/3（同7年未満は1/4）	単年度事業：上限15億円（非化石20億円）複数年度事業：上限20億円（非化石30億円）下限：100万円/年度
（Ⅳ）エネルギー需要最適化型	EMS活用計画の作成・成果公表（2%改善目安・計画期間2年）	中小1/2・大企業1/3	上限1億円/事業全体・下限30万円/事業全体

表の上限額は単年度事業の1事業あたりの数値です。また、複数年度事業として申請できるのは原則として補助対象経費が5千万円以上の事業です。ご検討中の設備や事業計画が対象になるかは、以下のお問い合わせからご相談ください。

お問い合わせはこちら

省エネ補助金（工場・事業場型）の補助対象事業者の要件

省エネ補助金（工場・事業場型）の交付申請をする者は、以下の要件を全て満たす必要があります。主な要件は次のとおりです。

国内において事業活動を営んでいる法人および個人事業主（青色申告者に限る）であること。
本事業を実施するために必要な経営基盤を有し、事業の継続性が認められること（補助対象設備の所有者が直近年度決算で債務超過の場合は対象外）。
補助対象設備の所有者であり、処分制限期間（法定耐用年数）にわたり継続的に使用する者であること。
事業区分ごとに定める期間において、導入した補助対象設備の1年間のエネルギー使用量と省エネルギー効果を報告できること。
年間エネルギー使用量が原油換算1,500kl以上の事業者（特定事業者等）は、省エネ法に基づき中長期計画書・定期報告書を提出していること（申請時に省エネ法定期報告書の特定第1表の写しを提出）。
経費当たり計画省エネルギー量が、補助対象経費1,000万円あたり1kl以上の事業であること。
経済産業省から補助金交付等停止措置・指名停止措置を受けていないこと、性風俗関連特殊営業を営む事業所でないこと、など。

大企業（会社法上の会社のうち中小企業者・みなし大企業に該当しない法人）については、省エネ法の事業者クラス分け評価制度で『Sクラス』または『Aクラス』に該当する事業者、もしくは中長期計画書の「ベンチマーク指標の見込み」に記載された2030年度（目標年度）の見込みが目標値を達成する事業者であることが追加で求められます。

中小企業者等の定義は中小企業基本法に準じ、製造業・その他は資本金3億円以下または従業員300人以下、卸売業は1億円以下または100人以下、小売業は5千万円以下または50人以下、サービス業は5千万円以下または100人以下です。資本金または出資金が5億円以上の法人に直接・間接に100%株式を保有される、あるいは直近3年（申告済み）の課税所得の年平均額が15億円超といった「みなし大企業」は中小企業者から除かれます。

GX要件と省エネ法に関する要件

本事業はGX経済移行債を活用した先行投資支援に位置づけられているため、（Ⅰ）工場・事業場型の申請者にはGX要件が課されます。会社法上の会社（民間企業）は、原則としてGX推進への取組（Scope1・Scope2の排出削減目標の設定・報告・公表、企業の成長につながる方針の策定、人材確保の取組など）について、SIIが公表するフォーマットで表明することが必要です。
会社法上の会社（民間企業）には、原則として①Scope1・Scope2の排出削減目標の設定・報告・公表、②企業の成長につながる方針の策定、③必要な人材確保に向けた取組――の3点をSIIのフォーマットで表明することが求められます。このうち①については、温対法の算定報告制度に基づく2022年度CO2排出量が20万t未満の企業や中小企業基本法上の中小企業に該当する企業は、本事業で見込まれる省エネ効果を含めた省エネ計画の提出をもって代えることができます（②・③の表明は引き続き必要）。石炭・石油等から低炭素な化石燃料への燃料転換を行う事業等では、非化石エネルギーへの転換に向けた取組の意思表明も求められます。

また、省エネ法上の特定事業者等（年間エネルギー使用量が原油換算1,500kl以上の事業者）は、省エネ法に基づく定期報告情報の開示制度への参加を宣言し、令和8年度公表分の開示シートを公表することが要件となります。開示シートには本補助金による計画および実績（省エネ効果を含む）を記載します。これらの要件を満たさない場合、補助金の返還を求められることがあります。

申請単位と共同申請・リースの考え方

申請単位は、原則「エネルギー管理を一体で行う事業所単位」です。省エネ法に基づき定期報告書を提出している場合は定期報告書内の事業所単位、提出していない場合は電気・ガス・油等のエネルギー契約を行う事業所単位で申請します。同一敷地内に複数建物があり、エネルギーを一元管理している場合は、まとめて1つの申請単位になります。工場・事業場型は事業場全体の省エネ効果で要件を判定するため、更新する複数設備を一つの計画にまとめて申請するのが基本です。

導入する補助対象設備の所有者と使用者が異なる場合（リース事業者・ESCO事業者を利用する場合など）や、複数の事業者でエネルギーを一体管理している場合は、関係する全ての事業者による共同申請が原則です。
リースを利用する場合は設備使用者とリース事業者等による共同申請とし、リース料から補助金相当分が減額されていることを証明できる書類の提示などが要件となります。
なお、レンタル契約や、残価設定付リース・割賦契約と判断される契約は対象外です。ESCOを利用する場合はシェアード・セイビングス契約に限られます。サプライチェーン連携枠を利用する場合は、連携する4者以上（および補助金の交付を受けない下流の幹事企業）による共同申請となります。

補助対象経費・対象外経費

工場・事業場型の補助対象経費は、設計費・設備費・工事費です。設備費しか対象にならない設備単位型（Ⅲ）と異なり、据付や配線・配管などの工事費、設計費まで含めて補助対象にできる点が、工場・事業場型の大きなメリットです。補助対象経費は、原則3者以上による価格競争等を実施した結果による最低価格を上限とします。

一方で、次のような経費は補助対象外です。

建屋等の建築物・外構工事に係る経費、および事業に直接関係のない工事に係る経費
既存設備・システムの解体・撤去・移設に係る経費
SIIが補助対象外と判断した機器・設備・構造物・基礎工事等、汎用性が高く目的外使用になり得るもの（パソコン等）、予備品・将来用設備
交付決定前に契約・発注して要した経費、事前調査費等の交付決定以前に係る経費
消費税および地方消費税

見積書では、補助対象経費（設計費・設備費・工事費）と補助対象外経費を明確に分けて記載する必要があります。どこまでを補助対象に含められるかは事業区分・設備の性質によって判断が分かれるため、見積取得の前に対象範囲を整理しておくことが重要です。

省エネルギー量の計算 — 指定計算と独自計算

工場・事業場型の省エネルギー効果の算定にも「指定計算」と「独自計算」があります。指定設備を導入する場合は、SIIが指定する計算式と標準的な数値テーブルを用いて補助事業ポータル上で省エネ量を算定できます。一方、先進設備・システムやオーダーメイド型設備、複数設備を組み合わせた事業場全体の効果を示す場合は、計算式や数値を事業者が独自に設定する「独自計算」を用い、計算過程説明書（計算式と考え方、データの根拠資料）を提出します。

工場・事業場型では、省エネルギー率に加えて非化石割合増加率やエネルギー消費原単位改善率も要件の判定指標になります（原単位改善率での申請は、設備更新後に生産量が増加し、かつエネルギー使用量も増加する事業に限られます）。
電化や燃料転換を伴う計画では、非化石エネルギーへの転換分を適切に算定できるかが要件達成のポイントになります。計画省エネルギー量は原則として2025年度（2025年4月〜2026年3月）の実績データにより算出し、成果報告時に計画値を未達成としないための裕度（安全率）の設定も認められています。
独自計算で消費電力量等を実測する場合は計測器の設置から一定のデータ取得期間が必要なため、公募開始前から準備を始めることをお勧めします。

省エネ補助金（工場・事業場型）の審査の仕組み — 審査項目・評価項目

SIIは、SII内に設置した有識者で構成される外部審査委員会の評価を踏まえ、事業区分ごとに総合評価を行い、上位者から予算の範囲内で採択を決定します。交付申請額の合計が予算額を超える場合は、なるべく多くの事業者・事業分野を採択する観点から、絞り込みを行うことがあります。

審査項目（要件確認）

補助対象事業者・補助事業の内容が、交付規程・公募要領の要件を満たしていること。
全体計画（資金調達計画、工事計画等）が適切で、事業遂行の確実性・継続性が十分であること。
補助事業に要する経費が、類似事業の標準価格・参考見積等を参考に適正に算定されていること。

評価項目

計画省エネルギー量・省エネルギー率（非化石割合増加率を含む）
エネルギー消費原単位改善率
経費当たり省エネルギー量（費用対効果）

投資額あたりの削減量を示す「経費当たり省エネルギー量（費用対効果）」は重要な評価軸です。大規模な投資ほど、適切な投資額で大きな省エネ効果を実現できているかが問われます。また、中小企業者等が行う事業、省エネ・地域パートナーシップのパートナー金融機関による確認書を添付した事業、省エネ診断を受診した事業、経営力向上計画・経営革新計画の認定を受けた企業の事業、パートナーシップ構築宣言登録企業の事業などは、追加で評価される場合があります。

提出書類に不備・不足がある場合はSIIから連絡があり、解消されない場合は審査の対象外となることがあります。交付決定前に契約・発注を行った事業は対象外となる点にも注意が必要です。

省エネ補助金（工場・事業場型）の公募スケジュール — 2次公募は2026年7月9日締切

令和7年度補正予算省エネ・非化石転換補助金（工場・事業場型）2次公募の交付申請スケジュールは以下のとおりです。工場・事業場型と設備単位型は共通スケジュールで公募されます。公募期間は約1ヶ月と短いため、公募開始前の段階から見積取得・設備選定・省エネ計算を進めておくことが必須です。

項目	内容
公募期間（2次公募）	2026年6月1日（月）〜7月9日（木）17時必着
審査・採択を経て交付決定	2026年9月上旬予定
事業開始	交付決定後（契約・発注は必ず交付決定後）
事業完了	単年度事業は原則2027年1月31日まで（複数年度事業は最大4年）
実績報告	事業完了日から30日以内または2027年2月5日のいずれか早い日
補助金の支払い	実績報告・確定検査後（2027年1月末〜3月末）

本補助金は1次から3次の計3回の公募が予定されています。1次公募は2026年3月30日〜4月27日で既に終了し、交付決定は6月を予定していました。3次公募の詳細は、決まり次第SIIホームページで公表されます。予算の範囲内での採択となり、1次公募の採択結果によって2次・3次公募の予算が変動する場合があります。なお、事業完了期限や実績報告期日の詳細は事業区分・単年度／複数年度の別により異なるため、必ず最新の公募要領・交付申請の手引きでご確認ください。

省エネ補助金（工場・事業場型）の交付申請から補助金受給までの流れ

交付申請から補助金受給までの全体フローは、大きく次のステップに整理できます。

公募要領・手引き等の確認：公募要領、交付申請の手引き、（Ⅰ）型省エネルギー計算の概要等をよく読み、自社に合う申請枠と省エネ要件（事業所全体＋設備単位）を理解する。
更新する設備・システムの検討と見積取得：先進設備・オーダーメイド型設備・指定設備のいずれで申請するかを決め、異なる販売事業者3者以上から競争見積を取得する。見積依頼・競争入札は1次公募の公募要領公開日（2026年3月25日）以降の発行日であれば、交付決定前の取得も有効。
省エネルギー計算・事業計画の作成：事業場全体での省エネ率・省エネ量・原単位改善率、投資回収年数を算定し、設備単位の要件も含めて要件を満たす計画にまとめる。
申請の根拠資料の入手・作成：登記簿謄本・決算書などの外部書類、SII指定様式、省エネルギー計算の根拠資料を準備する。
補助事業ポータルのアカウント取得・入力：SIIホームページでアカウントを取得し、ポータルに必要事項を入力して出力書類を印刷する（1次公募で取得したアカウントは2次公募でも使用可）。
書類のファイリング・郵送：ポータル出力書類・指定様式・添付資料をファイルにまとめ、配送状況が確認できる手段でSIIへ郵送（直接持参・宅配便は不可）。締切は2026年7月9日17時必着。
審査・交付決定（2026年9月上旬予定）：不備・不足の連絡には速やかに対応する。交付決定通知の到着後に契約・発注を行う。
事業実施・実績報告・確定検査・補助金受給：着工前写真の提出などの中間報告を行い、設備の据付・試運転を実施。所定の期日までに実績報告書を提出し、確定検査を経て補助金が支払われる。支払い後は成果報告を行う。

提出方法は補助事業ポータルへの入力・出力と書類の郵送の組み合わせで、ポータル入力だけでは申請完了となりません。SIIへの直接持込や宅配便は利用できず、消印日ではなく必着である点に注意してください。

省エネ補助金（工場・事業場型）の提出書類の全体像

提出書類は「ポータルから出力する書類」「指定様式」「添付資料」の3区分に分かれます。ポータル出力書類には、交付申請書、経費・補助金の配分額、事業者情報、資金調達計画、省エネルギー計算総括表、エネルギー使用量計算書、見積金額一覧表、導入予定設備一覧などがあります。事業者側で準備が必要になる主な添付資料は次のとおりです。

会社情報（法人概要申告書）／決算書（直近1年分の単独決算の貸借対照表、表紙含む）
商業登記簿謄本（個人事業主は確定申告書・青色申告決算書の写し）
補助対象設備を導入する建物の登記簿謄本
中小企業者であることの宣誓書（中小企業投資促進枠等で中小企業者として申請する場合）
見積書（3者分）と製品カタログ・設計図書等（オーダーメイド型設備の場合は設計図書等）
省エネルギー量計算の根拠資料・計算過程説明書（独自計算を行う場合）
省エネ法に基づく中長期計画書等の写し（1,500kl以上の事業場・大企業等の場合）／役員名簿
大企業のクラス分け評価制度・ベンチマーク達成を証する資料（大企業の場合）
評価項目に関する任意提出書類（経営力向上計画、省エネ診断報告書、パートナーシップ構築宣言、パートナー金融機関による確認書等、該当する場合）

書類はA4・片面で出力し、SII配布のファイルラベル・インデックスに従って文書番号順にファイリングします。提出前にSIIの「提出書類一覧」「提出書類チェックシート」で不足・誤りを確認し、全書類の写し（副本）を作成して事業完了年度の終了後5年間保管します。

省エネ補助金（工場・事業場型）でよくある不採択・トラブルのパターンと回避策

申請段階で落ちやすいパターン

パターン①: 事業所全体の省エネ要件（省エネ率・省エネ量・原単位改善率）を満たせない
工場・事業場型は事業場全体での効果が要件です。設備の一部だけを更新する計画では、事業場全体の省エネ率が要件（先進枠30%、一般枠10%、中小企業投資促進枠7%）に届かないことがあります。更新範囲の設定と独自計算の精度が鍵です。回避策は、申請枠ごとの要件を満たせる更新範囲を設計段階で組み立てることです。

パターン②: 設備単位の省エネ要件を満たせない
一般枠・中小企業投資促進枠・サプライチェーン連携枠では、事業所全体の要件を満たしていても、個々の設備が設備単位の要件（指定設備は省エネ率10%以上等、オーダーメイド型設備は経費当たり省エネ量1kl/千万円以上）を満たさないと補助対象外になります。高額なオーダーメイド型設備ほど経費当たり省エネ量が小さくなりがちなので、設備選定の段階で確認しましょう。

パターン③: 投資回収年数の見積りで補助率が下がる
一般枠・中小企業投資促進枠・サプライチェーン連携枠では、投資回収年数が短いと補助率が引き下げられます。回避策は、補助対象経費・省エネによるコスト削減額・設備費の前提を正確に置き、回収年数を適切に算定することです。

パターン④: 経費当たり省エネ量が小さい
「経費当たり計画省エネルギー量が補助対象経費1,000万円あたり1kl以上」は事業所全体の必須要件であり、評価項目でもあります。高額投資のわりに削減量が小さい計画は不採択リスクが高まります。3者見積で相場感を示し、独自計算で実態に近い削減量を算定しましょう。

採択後の実施段階で起きやすいトラブル

交付決定前の発注：交付決定通知が届く前に契約・発注を完了させた事業は、理由にかかわらず補助対象外となります。「採択された＝発注できる」ではなく、「正式な交付決定通知が届いた後で発注できる」順番を必ず守ってください。
設備納期・工事工程が事業完了期限に間に合わない：オーダーメイド型設備や大規模なライン更新は製作・据付に時間がかかります。交付決定前の発注はNGですが、商社・メーカーへの納期短縮の事前相談や工程の段取りは可能です。複数年度事業（最大4年）の活用も検討しましょう。
着工前写真の記録漏れ：既存設備の状況がわかる写真・図面は、撤去・更新の前に必ず記録しておきます。撤去後は撮影できなくなるため、撮り残しに注意しましょう。
事務局からの不備・不足対応の遅れ：問合せ窓口担当者を1名明確に立て、SIIからの連絡を見落とさない体制を組みましょう。
つなぎ融資の未検討：設備代金の支払いから補助金入金まで時間差があり、その間は事業者が全額を立て替えます。投資規模が大きい工場・事業場型では、申請の準備段階で金融機関とつなぎ融資の相談を進めておきましょう。

不採択になった場合

不採択になっても次の公募で再申請が可能です。再申請で採択につなげるには、独自計算で経費当たり省エネ量や省エネ率の数値を上げること、更新範囲や申請枠（先進枠／一般枠／中小企業投資促進枠）を再検討すること、より競争力のある3者見積を取り直すことが有効です。

省エネ補助金（工場・事業場型）に関するよくある質問（FAQ）

省エネ補助金（工場・事業場型）と設備単位型は何が違いますか?

工場・事業場型は「事業場全体の省エネルギー計画」に基づく更新を支援し、補助上限は15億円/年度（非化石転換時20億円/年度）、補助率は最大2/3、補助対象経費は設計費・設備費・工事費です。一方、設備単位型は「指定設備1台単位」での更新を支援し、補助対象経費は原則「設備費」が中心で、補助率・上限額も工場・事業場型より小さく設定されています。大規模・複合的な投資は工場・事業場型、単機更新は設備単位型が向いています。

省エネ補助金（工場・事業場型）の補助率はどのくらいですか?

先進枠は中小企業者等2/3以内・大企業1/2以内、一般枠は中小1/2以内（投資回収7年未満は1/3）・大企業1/3以内（同1/4）、中小企業投資促進枠は1/2以内（投資回収5年未満は1/3）、サプライチェーン連携枠は中小1/2以内（投資回収5年未満は1/3）・大企業1/3以内（同7年未満は1/4）です。（Ⅳ）エネルギー需要最適化型は中小1/2・大企業1/3以内です。

省エネ補助金（工場・事業場型）の省エネ要件は何ですか?

原油換算量ベースの事業所全体の要件として、先進枠は省エネ率＋非化石割合増加率30%以上／省エネ量＋非化石使用量1,000kl以上／原単位改善率15%以上のいずれか、一般枠は同10%／700kl／7%以上、中小企業投資促進枠は同7%／500kl／5%以上のいずれかです。加えて、経費当たり計画省エネルギー量が補助対象経費1,000万円あたり1kl以上であることが必須要件です。さらに令和7年度補正からは、一般枠・中小企業投資促進枠・サプライチェーン連携枠で設備単位の省エネ要件（指定設備は省エネ率10%以上・省エネ量1kl以上・経費当たり省エネ量1kl/千万円以上のいずれか、オーダーメイド型設備は経費当たり省エネ量1kl/千万円以上）も満たす必要があります。

新築・新設の事業所は対象になりますか?

新たに事業活動を開始する新築・新設の事業所に導入する設備は、工場・事業場型の（Ⅰ）では原則として補助対象外です（ただし（Ⅳ）エネルギー需要最適化型は新設も対象）。新設を伴う省エネ投資は、設備単位型のトップ性能枠（新設）や電化・脱炭素燃転型（新設）での申請を検討することになります。

EMSだけを導入したい場合はどの型で申請しますか?

EMS（省エネ支援機器）を単独で導入したい場合は、工場・事業場型の（Ⅳ）エネルギー需要最適化型で申請できます。設備単位型では（Ⅳ）の単独申請はできず、（Ⅱ）または（Ⅲ）との組み合わせが必要です。EMSから省エネを始めたい場合は工場・事業場型が選択肢になります。

設備の発注は申請前にできますか?

できません。交付決定通知を受け取る前に契約・発注を完了させた事業は、理由にかかわらず補助対象外となります。これは制度の絶対ルールです。ただし、3者見積の取得（1次公募の公募要領公開日である2026年3月25日以降の発行日であれば有効）や、商社・メーカーへの納期短縮の事前相談は交付決定前でも可能です。

まとめ — 工場・事業場型で押さえるべきポイント

省エネ補助金（工場・事業場型）は、事業場全体の省エネルギー計画に基づき、先進設備・オーダーメイド型設備・指定設備への更新やEMS導入を大きな上限額で支援する制度です。本記事では令和7年度補正 2次公募の公募要領・交付申請の手引きをもとに、申請枠ごとの補助率・上限額、省エネ要件、審査の仕組み、申請の流れ、提出書類、失敗パターンを整理しました。最後に押さえておきたい3つのポイントをまとめます。

「事業場全体」＋「設備単位」で要件を満たし、申請枠で補助率が変わる：先進枠（省エネ率30%以上・補助率最大2/3）、一般枠（10%以上）、中小企業投資促進枠（7%以上）、サプライチェーン連携枠の4枠があり、投資回収年数によっても補助率が変動します。令和7年度補正からは事業所全体に加えて設備単位の省エネ要件も課されるため、更新範囲と設備選定の両面で要件を満たすことが第一歩です。
設計費・工事費まで補助対象、上限も大きい：補助対象は設計費・設備費・工事費で、上限は15億円/年度（非化石転換時20億円/年度）。設備費が中心の設備単位型より、複合的・大規模な投資に向いています。
必須要件と発注タイミングに注意：経費当たり省エネ量1kl/千万円以上は必須要件で、評価項目でもあります。契約・発注は必ず交付決定後に行う必要があり、（Ⅰ）型では新設は対象外。納期の長い設備は複数年度事業や事前調整で備えましょう。GX要件の表明や省エネ法の開示制度参加など、設備以外の要件も忘れずに確認してください。

令和7年度補正 2次公募の交付申請の締切は2026年7月9日（木）17時必着です。公募期間は約1ヶ月と短いため、見積取得・設備選定・省エネルギー計算の準備を早めに進めることをお勧めします。認定支援機関に依頼いただける場合、事業計画書・省エネルギー計算・ポータル入力・事務局対応はすべて代行できるため、本業と並行して無理なく申請を進められます。

補助金申請支援なら【株式会社プランベース】

株式会社プランベースは認定支援機関として、中小企業の補助金申請を専門に支援しています。
これまでに累計1,500社以上・200億円超の採択実績を誇り、製造業・情報通信業・建設業など幅広い業種の企業様をサポートしてきました。

高い採択率

認定支援機関として、独自計算の活用など専門的な打ち手で採択率向上を支援します。
不採択の場合も、再申請に向けたフォローアップを行います。

申請〜採択後まで万全サポート

事業計画書・省エネルギー計算・補助事業ポータル入力・事務局対応・実績報告まで一貫してハンズオンで支援。
初めての申請でも安心して設備投資を進められます。

専門家による迅速対応

中小企業診断士や行政書士が在籍し、締切1か月前でも申請可能な迅速対応を実現。
SIIからの不備・不足連絡にも迅速・誠実に対応し、審査をスムーズに進めます。

全国対応

北海道から沖縄まで、オンラインを中心に全国対応。
地域を問わず、補助金申請から受給まで伴走支援いたします。

補助金の申請方法や事業計画書の書き方でお悩みの方は、まずは初回無料相談をご利用ください。
経験豊富なコンサルタントが、貴社に最適な補助金活用をご提案します。